В настоящее время Институт является ведущей организацией, участвующей в формировании идеологии и решении государственных научно-технических и организационных задач в рамках единой технической политики по обеспечению здравоохранения медицинскими изделиями и технологиями. Основные направления деятельности Института в настоящее время:

мониторинг безопасности применения медицинских изделий;

проведение экспертизы и приемочных технических испытаний медицинских изделий;

токсикологические исследования.

с 2012 года ФГБУ «ВНИИИМТ» в соответствии с государственным заданием оказывает информационно-аналитическую и экспертную поддержку при осуществлении Росздравнадзором функции по мониторингу безопасности применения медицинских изделий.